Весной 1963 года Бесков возглавил сборную команду СССР. Перед ним, как старшим тренером сборной, была поставлена задача подготовить команду к чемпионату мира 1966 года. Но до этого команде предстояло участие в чемпионате Европы 1964 года с заключительными матчами в Испании. Перед Мадридом команда Бескова ни разу не проиграла, победив сборные Италии, Уругвая, Швеции. В полуфинале чемпионата Европы со счетом 3:0 были разгромлены датчане. Уже сам выход в финал, а значит - минимум серебряные медали, был несомненным достижением отечественного футбола. Сейчас это особенно очевидно на фоне бесславных выступлений главной команды страны на большинстве ответственных турниров в 70-90-х годах.
В финальном матче сборная СССР в равной борьбе уступила в Мадриде со счетом 1:2 команде Испании. После этого матча мировая пресса отмечала выдающийся уровень игры советских футболистов. Главный тренер испанцев заявил, что им очень дорога победа над таким сильным и блестящим соперником, как сборная Советского Союза. На родине посмотрели иначе: "В связи с невыполнением поставленной перед сборной командой задачи и крупными ошибками, допущенными в организации подготовки команды, освободить от работы со сборными командами страны старшего тренера сборных команд Бескова К.И." Это решение вновь было принято на самом высоком уровне и менее всего было связано со спортивными аспектами.
Летом 1964 года Андрей Петрович Старостин попросил Бескова помочь Луганской команде "Заря". Она тогда занимала двадцать первую строку в турнирной таблице, а Бескову предстояло вывести ее в авангард этой лиги. В первом круге турнира 1965 года команда заняла первое место. Но все же она не прорвалась в высшую лигу.
После этого была недолгая и безрадостная пора работы в московском "Локомотиве". В январе 1967 года Бесков принял команду "Динамо", в которой вырос как игрок и теперь занял место старшего тренера. В самом начале сезона динамовцы выиграли престижный тогда турнир "Подснежник", организованный газетой "Советский спорт". В чемпионате СССР команда завоевала 2-е место - несомненное достижение. В том же сезоне был достигнут еще один крупный успех - победа в розыгрыше Кубка СССР. В тот год динамовцы получили призы имени 50-летия СССР, "За волю к победе", памяти Григория Федотова, "Агрессивному гостю". В конце сезона Бескову было присвоено звание Заслуженного тренера СССР.
Сезоны 1968 и 1969 годов не были такими удачными, как предыдущий. В чемпионате страны 1970 года команда заняла второе место. В ее составе появились молодые игроки с несомненным будущим: Алексей Петрушин, Олег Долматов, Александр Маховиков, Андрей Якубик, Анатолий Байдачный, Анатолий Кожемякин. Наряду с ними - опытный Йожеф Сабо, Заслуженный мастер спорта, уже на четвертом десятке лет. В список 33 лучших футболистов СССР по итогам сезона были занесены семь московских динамовцев: В.Аничкин, В.Смирнов, В.Зыков, В.Маслов, В.Козлов, В.Эштреков и Г.Еврюжихин. В мае 1971 года состоялся прощальный матч друга Бескова, Льва Яшина, признанного лучшим вратарем мира. Сборная клубов "Динамо" играла со сборной звезд мирового футбола.
В 1970 году московские динамовцы выиграли Кубок СССР у своих тбилисских одноклубников, победив в финале со счетом 2:1. Восемь игроков команды были включены в сборную СССР. Это было наивысшее представительство клуба в сборной команде страны за всю его историю.